不过塞特毕竟是银河霸主，尽管受到重创，但其剩余实力仍不在类之下。在发现面临强劲对手后，就迅速的收缩防线，放弃大量殖民星系以争取时间，在类的第一次攻击结束后不久，便完成了战略调整和准备，发动了反攻。幸好类也是早有准备，并没有将力量用尽，加上新归附的大量抵抗组织，与塞特在各个战区展开了激战，空前激烈的银河争霸战很快进战略相持阶段。

四百多年后，经过联邦科学院上下科研员的长期攻关，终于在西摩的基础上研制成功了针对塞特的基因武器。除了大量装备前线部队外，还大批的运往帝国内部，给那些抵抗组织，当年西摩的悲剧开始重演了，胜利的天平开始向类倾斜。

由于类联军和他们支持的抵抗组织在塞特帝国内外大量使用这种被称为“阳光”的基因武器，一百多年后，塞特中的绝大部分都已悲惨的死去，残余的塞特虽然尽力的防护和不断採取新的医疗手段，但仍跟不上类基因武器的更新速度。再也无法抵挡类越来越猛烈的攻势，当塞特被压迫到不足一百个星系的范围后，完全绝望的塞特开始了疯狂的最后反攻。并将极少数没被感染的战士和病较轻的组织起来，趁类军队忙于应付反攻无暇兼顾时，避开防御银盘的类军队，冒险进充满危险的银晕。舰队携带着还不成熟的类基因武器和塞特威力最大的武器向太阳联邦首都太阳系攻来。

盟军统帅部早已预料到可能会出现这种况，西摩当年就是用这种战术对塞特帝国造成了重大伤亡，早就严阵以待。塞特的舰队还未离开银晕就已经被发现了。太阳联邦一边调动所有军事手段进行拦截，一边启动了紧急方案。两万多位科学院院士和大批类英立即疏散到了其他星系，同时，联邦的超级智脑“太阳神”也于四千多光年外的另一台同型智脑建立了超空连接，将联邦的核心机密和科学资料全部转移。这样做原本是为了保护类英和科技，以免造成损失。但令批准这个计划的圣殿没有想到的是，刚刚成为银河霸主的太阳联邦就毁在这个计划上。

对塞特舰队的拦截非常成功，联邦的九支一极舰队和十二支二极舰队从距太阳系两千光年外就开始阻击塞特舰队，加上阻击时间中陆续赶来的其他舰队。越接近太阳系，类的防御力量就越强大。结果还没等到塞特舰队接近太阳系，整个舰队就全军覆灭了。尽管类付出了比塞特更大的代价，但却使塞特这垂死一击没有得到任何实质的收穫，不久，类联军就攻占了塞特星区。

银河争霸大战从开始到结束，共持续了地球时间五百七十四年，以类为主的太阳联邦在其他十一个强大种族帮助下，终于彻底消灭了塞特帝国。在这场银河系有史以来最惨烈的战争中笑到了最后。

尽管类赢得了战争的最后胜利，但在胜利背后所付出的代价也是极为惨重的。联邦从战前的七百六十三亿下降到了五百四十一亿。一百三十二个殖民星系被彻底毁灭，两千多个殖民星受到严重坏。虽然代价如此巨大，类毕竟还是胜利了。所获得的利益也是空前巨大的。短时间内在银河系已不可能出现挑战类地位的种族。可就在这绝大部分都以为可以安享太平的时候，又一场比银河争霸战更可怕，更残酷的战争开始了。

银河战争结束后不到两年，位于马臂的因鲁克宣布独立，并对驻扎在附近的联邦第十七军团发动突袭，十七军团司令岗列上将报称受到毁灭打击。请求联邦军事委员会尽快调集大军平定叛。

因鲁克是类在银河战争中最重要的盟友，也是实力最雄厚的一个。为了争取因鲁克加盟军，太阳联邦主席莫克曾向他们承诺，如果他们站到类这一边来，战争胜利后将他们国境附近的六十七个星系划归他们管理。战争结束后，联邦政府立刻兑现了自己的承诺。但也因此让因鲁克的实力急剧扩张，成为银河系中除了类以外最强大的种族。联邦为了防备因鲁克生出异心，就在附近星区部署了两支一级舰队和六支二级舰队，以震慑因鲁克对控制范围以外的野心。

因鲁克的攻击立即震动了正在忙于整顿征服星系的联邦政府。为了避免连锁反应，政府和圣殿一致决定，必须尽快将这次叛镇压下去，否则会对联邦目前已经十分混的局势急剧恶化。力争在最短的时间内打败因鲁克。但是为了稳定银河的形势，元气大伤的联邦军队还不得不在每一个星球派遣安全部队。若想调集足够超过因鲁克的军事实力，根本做不到。从那里抽取军队，那里就会出现力量真空状态。

后来、联邦副主席伯顿提议，从首都星系和附近的二十一个星区调用军队平叛，这一带是类的老根据地，根本没有足以威胁类的种族。主要军事力量被调走后，也不至于出现什么子。圣殿和政府在经过研究后，批准了这一提案。

只有极少数感觉到了这个计划的危险，金阳和莫平就是其中两。不少虽然提出了不少折衷意见，但是没有改变政府和圣殿的决定。但当时谁也没想到，这一切、竟是一个类有史以来最恶毒的计划。

制订这个恶毒计划的就是联邦第一副主席伯顿。当时没有任何会想到，备受圣祖尼玛宠的伯顿会在这个时候选择颠覆联邦。在尼玛的全力扶持下，他已经可以有绝对的把握可以继任莫克成为下一任联邦主席了。可是、伯顿不想要一个有太上皇的民选国家，即使是统一银河后空前强大的太阳联邦。