，内阁因为职权得不到保障，根本无法有效地限制总统的权力。宋教仁很清醒地认识到这一点，
知必须建立一个与总统权力相制衡的责任内阁制，而责任内阁制的核心在于议会政治，议会政治的重心则在于政党制衡。彼时同盟会还带有一定的
莽气息，各地从事政治活动的党派竟多有三百余个，可谓党派林立，力量分散，局面极为混
。正因为如此，宋教仁决定“毁党造党”，以同盟会为基础，吸纳一些其他党派，改组成立一个带有建设
质的议会型政党，“从事于宪法国会之运动，立于代表国民监督政治之地位”。
民国元年八月二十五
，宋教仁不顾一部分同盟会成员的反对，以“朝野合作，新旧合作”为号召，以同盟会为基
，联合国民公党、国民共进会等小党派，在北京整合成立了国民党。
国民党成立后，孙文被推选为理事长，但孙文声称要“专心致志于铁路之建筑”，遂辞去理事长一职，委托宋教仁代理。
刚刚成立的国民党，立刻积极投
到第一届国会选举当中。为帮助国民党争取国会选举的胜利，宋教仁于十月离京南下，在南方各地发表演讲，抨击时政，宣传政见。他每到一处，均受到社会各界的热烈欢迎，很快在南方刮起了一
凌厉的“宋教仁旋风”。国会选举虽然还没开始，但国民党的呼声已经非常之高。
在国民党有望选举胜利并组织责任内阁的
况下，孙文却没有与宋教仁就选举的相关事宜进行磋商，反而在选举前一个月赴本进行并不急切的考察访问。
此时宋教仁已经抵达上海，寄住在黄兴家中。他在国民党上海
通部发表演讲，明确地撇开孙文的五权宪法，大讲自己的三权分立宪政设想，然后以激烈的言辞，全盘否定了袁世凯政府当局的内政外，认为只有国民党方面出面组织责任内阁，才能解决当前的种种问题。
民国二年三月间，在北京举行的中华民国第一届国会选举结束，国民党以压倒优势获胜，在参议院与众议院皆获得最多席次，成为国会最大党。
第一届正式国会定于四月在北京开幕，宋教仁踌躇满志，准备以国民党党首的身份筹划组织第一届责任内阁。与此同时，袁世凯亦多次催促宋教仁“赴京会商要政”。宋教仁于是决定出发北上，并选择了三月二十作为他离开上海的子。
在宋教仁临行之前，他接连收到“友
密函”，说他之前在南京之时，已经有“潜随其后，希图行刺”，劝他暂时不要北上，平时也要多加防范。宋教仁却不以为然，认为这只是坊间的谣言，没有放在心上。
三月二十晚十点多钟，宋教仁在黄兴、廖仲恺、于右任等的陪同下，来到上海火车站，准备乘坐特别快车前往南京，转而北上。
火车出发是在十一点钟，时间尚早，宋教仁、黄兴等便在议员接待室里休息。
宋教仁与众友议论时政，聊谈甚欢，根本没注意到此时的接待室外，有正频频向内窥探。
十点四十分，离发车时间只剩下二十分钟了，检票处开始检票。
宋教仁等离开接待室，有说有笑地来到检票处，排队等待检票。
就在这时，几步开外突然响起了一声沉闷的枪声！
黄兴、廖仲恺等急忙惊惶四顾，却见宋教仁靠在旁边的铁椅上，用手捂住腹部，对近旁的于右任痛苦地说道：“我中枪了……”
黄兴等还没回过神来，又听见了两声枪响，幸而无被击中，其中一颗子弹，堪堪贴着黄兴的身边掠过。
黄兴急忙向枪响处望去，只见一个身形甚短、身穿黑色常服的，不顾一切地拨开群，跃过车站铁栏，向东面逃窜，顷刻间没了身影。
宋教仁被子弹击中了腹部，那是要害部位，脸色刹那间一片苍白。
于右任急忙冲出车站，找来一辆汽车，将宋教仁送往附近的沪宁铁路医院。但由于是夜十一点钟，医生不在医院，只好又急忙找去通知医生。
此时的宋教仁，神志还算清醒。他腹部疼痛，无法大声说话，只能让于右任把
挨近他胸前，然后喘息着说道：“我痛得很，恐怕是活不下去了。如果我死了，就把我所有存书捐南京图书馆……我老母尚在，唯有请诸位替我照料了……”
十几分钟后，医生闻讯赶来，查看了宋教仁的伤，认为伤在腹部，且伤势严重，必须立即进行手术，才有一线活命的希望。
此时已是凌晨，手术立刻进行。医生通过腹部手术，很快取出了子弹。子弹是从侧后方穿过腰际
腹部的，伤及了小腹及大肠，所以医生又主刀进行了肠道缝补手术。
手术结束后，宋教仁的况不见好转，反而不断地恶化。
宋教仁自知难逃一死，于是授意黄兴代拟电报发给袁世凯：“北京袁大总统鉴：仁本夜乘沪宁车赴京，敬谒钧座。十时四十五分在车站突被
自背后施枪，弹由腰上部腹下部，势必至死。窃思仁自受教以来，即束身自
，虽寡过之未获，从未结怨于私。清政不良，起任改革，亦重道、守公理，不敢有毫权之见存。今国基未固，民福不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之，犹生之年。临死哀言，尚祈见纳。宋教仁。哿。”他又叮嘱守在病榻前的诸位革命友勿以他为念，要奋力国事，然后感叹道：“我为调和南北事费尽心力，造谣者及一般民众不知原委，每多误解，我受此痛苦也是应当，死亦何悔？只可惜凶手在逃，终不知误会吾者为何许。罢了，罢了……”
二十二凌晨四点，宋教仁的伤势急剧恶化。他双手发冷，目睛仰翻，已经不能言语，只能以黯淡的目光环顾四周，眼神里充满了不舍之。
黄兴、于右任、陈其美等均围侍在病榻旁，黄兴在宋教仁的耳旁大声地说道：“钝初，我们会照料你的一切，你放心地去吧！”
宋教仁的眼中泛起了泪光，然后缓缓闭上双眼，慢慢地断了气。
两条线索
“刺宋案”发生后，正在本访问的孙文闻讯，当即发出急电，“望党合力查明此事原因，以谋昭雪”。袁世凯得知此事后，感叹道：“国民党失去宋钝初，少了一个大主脑，以后越难说话。”遂命拟电报，拟优恤命令；黄兴与陈其美各方联络，致函上海公共租界总巡捕房，悬赏万元缉拿凶手；江苏都督程德全通电全省：“如凶手就缚，当立予赏洋一万元，通风报信、身充眼线因而拿获者，给洋五千元”；沪宁铁路局认为凶案发生在火车站内，有损铁路局声誉，也主动悬赏五千元缉凶。
上海地方检察厅组织警力，对凶案现场进行了调查取证，尽管现场没有看清凶手的长相，但地方检察厅通过细致的调查，还是初步得出了一些判断。
首先，凶手行刺之时，距离宋教仁仅仅数步之遥，敢走得这么近，一定不是宋教仁认识的。其次，凶手既然与宋教仁素不相识，那他行刺宋教仁的原因，一定不是宿怨私仇。除此之外，凶手行刺时举止从容，逃跑时方向明确，附近一定有藏身之处或接应之。
地方检察厅由此得出结论，该案是“为买通行刺，故就质而论，
案获凶或非难事也”。
地方检察厅虽然做出了案或许并不难的判断，但也完全没有预料到，这件案子的获，竟然远比想象中还要来得轻松。
第一条线索，出现于案发后的第二天，来自于六野旅馆的旅客。
这位旅